Budowę kościoła rozpoczęto w 1998 r., a już trzy lata później została w nim odprawiona pierwsza msza święta. Kamień węgielny pod budowę tej świątyni pochodzi z grobu św. Piotra w Rzymie i został pobłogosławiony przez Jana Pawła II. Znajdująca się we wnętrzu ikona Chrystusa Ukrzyżowanego jest wierną kopią włoskiej ikony z kościoła w Areco, namalowanej przez Giovanni Cimabue pod koniec XIII w. Witraż przedstawiający patrona świątyni - św. Rafała Kalinowskiego - jest darem sybiraków. Ze względu na ożywiony ruch pielgrzymkowy, kościół - decyzją księdza arcybiskupa - ustanowiony został sanktuarium św. Rafała Kalinowskiego.